Wysokość opłaty rocznej z tytułu użytkowania wieczystego uzależniona jest od dwóch czynników. Pierwszym z nich, w większości przypadków stałym jest stawka procentowa opłaty rocznej, drugim – zmiennym w czasie – wartość gruntu pozostającego w użytkowaniu wieczystym.
Stawka opłaty rocznej z tytułu użytkowania wieczystego uzależniona jest od określonego w umowie celu, na jaki nieruchomość została w użytkowanie oddana i wynosi od 0,3 do 3 % ceny gruntu rozumianej jako jego wartość rynkowa. W znacznym uproszczeniu stawka 0,3 % dotyczy gruntów oddanych na cele sakralne wraz z budynkami towarzyszącymi, cele charytatywne oraz niezarobkową działalności kulturalną, oświatową, naukową lub badawczo – rozwojową; grunty oddane na cele rolne i mieszkaniowe obciążone są stawką w wysokości 1 %, grunty oddane na cele turystyczne stawką 2 % a wszystkie inne grunty, a zatem tak zwane grunty komercyjne (produkcyjne, handlowe, magazynowe, biurowe, hotelowe i tym podobne) stawką 3 %.
Aktualizacji opłaty rocznej dokonuje się z urzędu lub na wniosek użytkownika wieczystego w przypadku zmiany wartości nieruchomości. Wysokość opłaty rocznej ustala się przy zastosowaniu odpowiedniej stawki procentowej od wartości gruntu ustalonej na dzień aktualizacji. Jeśli zatem mamy do czynienia z nieruchomością oddaną na cele komercyjne, której wartość wynosi na przykład jeden milion złotych to przy zastosowaniu odpowiedniej stawki procentowej (3%) wysokość opłaty rocznej wyniesie 30 tysięcy złotych.
Dotychczas, z uwagi na stały niemal (do końca 2007 roku) wzrost wartości gruntów, oraz późniejszą stabilizację cen aktualizację opłaty rocznej przeprowadzano głównie z urzędu. W toku takiej aktualizacji organ reprezentujący właściciela nieruchomości zatrudnia rzeczoznawcę majątkowego celem oszacowania wartości gruntu, pozyskuje operat szacunkowy jako dowód tej wartości, na podstawie wartości i przy zastosowaniu odpowiedniej stawki procentowej oblicza nową wysokość opłaty rocznej i dokonuje (pisemnie) wypowiedzenia opłaty dotychczasowej proponując jednocześnie nową wysokość opłaty.
Nowa, zaproponowana przez organ opłata roczna obowiązuje od dnia 01 stycznia roku następnego po roku, w którym dokonano doręczenia wypowiedzenia. Jeśli zatem wypowiedzenie opłaty rocznej dotarło do użytkownika wieczystego (zostało mu doręczone) we wrześniu 2010 roku to nowa wysokość opłaty obowiązuje od 01 stycznia 2011 roku.
W przypadku jeśli użytkownik wieczysty nie zgadza się z wysokością zaproponowanej opłaty rocznej może w terminie 30 dni od daty doręczenia wypowiedzenia złożyć do właściwego samorządowego kolegium odwoławczego wniosek, że aktualizacja jest nieuzasadniona lub uzasadniona ale w innej wysokości. SKO przeprowadza rozprawę i wydaje odpowiednie orzeczenie podzielając zastrzeżenia użytkownika lub odmawiając mu racji. Na orzeczenie kolegium zarówno użytkownikowi jak i organowi przysługuje sprzeciw, który jest jednoznaczny z żądaniem przekazania sprawy do właściwego sądu. W takim przypadku to sąd w postępowaniu ustala należną wysokość opłaty rocznej przy czym to wniosek użytkownika wieczystego zastępuje w takim wypadku pozew, zatem niezależnie od tego, kto składa sprzeciw przy aktualizacji opłaty z urzędu pierwsze koszty postępowania ponosi użytkownik wieczysty.
Ponieważ w ostatnim czasie wartość nieruchomości spada użytkownik wieczysty może rozważyć czy opłata roczna jaką ponosi nie jest zbyt wysoka w stosunku do wartości gruntu i może z własnej inicjatywy wszcząć procedurę jej aktualizacji. W tym celu może złożyć żądanie aktualizacji opłaty rocznej, które powinno zostać doręczone organowi reprezentującemu właściciela nie później niż do 31 grudnia roku o ile nowa wysokość opłaty ma obowiązywać od 1 stycznia. Użytkownik wieczysty może skierować sprawę do kolegium jeśli organ odmówił aktualizacji opłaty rocznej (w terminie 30 dni od daty otrzymania odmowy) lub jeśli organ nie rozpatrzył żądania w terminie 30 dni użytkownik może skierować sprawę do kolegium w terminie 90 dni od daty doręczenia żądania. Ważnym jest, że w przypadku aktualizacji opłaty na wniosek ciężar dowodu, że istnieją ku niej przesłanki spoczywa na użytkowniku wieczystym.
